A la fin de l'année 1997, la coordination de la rédaction des " cahiers d'Habitats " a été confiée au Muséum national d'Histoire Naturelle. Ces documents visent à faire la synthèse des connaissances, au plan scientifique et au plan de la gestion, de chaque habitat naturel et de chaque espèce figurant dans les annexes I et II de la Directive " Habitats " pour laquelle la France est concernée. Cette entreprise, pionnière et ambitieuse qui a débuté par l'étude des habitats " forestiers ", a également été l'occasion de mettre au point une méthodologie commune. Elle s'est poursuivie par l'étude des espèces animales et végétales, des habitats des milieux " agropastoraux ", des milieux " humides ", des milieux " côtiers " et des milieux " rocheux ". Les " cahiers d'Habitats " ont pour vocation première de guider les rédacteurs de " documents d'objectifs " dans l'identification des habitats, dans l'analyse dynamique de leur état de conservation et dans la définition d'un cadre de gestion propre à chaque site. Ils apportent ainsi aux questions posées, sur chaque espèce ou habitat, des éléments scientifiques et techniques de référence. Ils sont le fruit d'une collaboration étroite entre la communauté scientifique et les gestionnaires ou principaux usagers des milieux naturels. A ce titre, ils contribuent à la mise en commun des savoirs des uns et des autres pour les mettre au service d'une politique de développement durable.

Concernant les Habitats naturels, chaque " cahier d'habitats " est constitué d'une fiche en-tête présentant un habitat générique et d'une ou plusieurs fiches correspondant à chaque habitat élémentaire. Les habitats qualifiés de " génériques " sont issus des intitulés des habitats décrits dans le Manuel d'interprétation des habitats de l'Union européenne (version EUR 15). Dans un souci de précision maximale, il est apparu nécessaire de décliner l'habitat générique en différents habitats élémentaires afin de faciliter l'identification des habitats sur le terrain et d'affiner la connaissance au plan scientifique et au plan de la gestion. Pour les espèces, les " cahiers d'habitats " proposent pour chacune d'entre elles une fiche de synthèse abordant trois principaux volets : identification de l'espèce ; biologie, écologie et situation de l'espèce ; propositions de gestion.