La Directive " Habitats " est un instrument législatif communautaire adopté le 21 mai 1992, par le Conseil de l'Europe, qui définit un cadre commun pour la conservation des plantes et des animaux sauvages et des habitats d'intérêt communautaire. Elle s'applique aux pays de l'Union européenne depuis le 5 juin 1994.

Elle constitue une véritable révolution dans la protection de la nature en admettant que les paysages dans lesquels nous vivons, que les assemblages d'espaces qui les caractérisent résultent de l'action conjointe des processus naturels et des conséquences des actions humaines qui ont modelé voire " construit " la nature actuelle. Elle admet de facto que le maintien d'espèces et d'habitats d'intérêt européen passent par la prise en compte des activités qui se déroulent dans ces écosystèmes.

Elle prévoit la mise sur pied d'un réseau de zones protégées, " Zones Spéciales de Conservation " (ZSC), appelé Natura 2000. Ce réseau intégrera aussi les " Zones de Protection Spéciales " (ZPS) définies dans le cadre de la Directive Oiseaux. Le réseau "Natura 2000" a été créé par la Commission européenne afin de favoriser le maintien de la biodiversité, à l'échelle européenne, tout en tenant compte des exigences scientifiques, économiques, sociales, culturelles et régionales. Pour chaque site du réseau, un " document d'objectifs " est élaboré, document de synthèse, d'orientation et de référence, établi dans la concertation locale et qui vise à mettre en cohérence principalement, par le biais de mesures contractuelles, les actions publiques et privées pouvant avoir une incidence sur les habitats naturels et les espèces d'intérêt communautaire ayant justifié la désignation du site.

Dans la directive Habitats, on distingue deux annexes qui listent des éléments à protéger par la mise en place des ZSC :

Annexe 1 :
Il s'agit de la liste des habitats naturels d'intérêt communautaire. On entend par habitats naturels, des zones terrestres ou aquatiques se distinguant par leurs caractéristiques géographiques, abiotiques ou biotiques, qu'elles soient naturelles ou semi-naturelles.

Annexe 2 :
Elle correspond à la liste des espèces (animales ou végétales) d'intérêt communautaire. Les habitats d'espèces sont des milieux définis par des facteurs abiotiques et biotiques spécifiques, où vit l'espèce, à l'un des stades de son cycle biologique.

L'Annexe 1 énumère 164 types d'habitats naturels européens, y compris 46 prioritaires. Les habitats naturels prioritaires sont des types d'habitats en danger de disparition et pour lesquels leur aire de répartition naturelle est majoritairement incluse dans le territoire de l'Union européenne. L'Annexe 1 est basée sur la typologie des habitats européens, réalisée par le projet CORINE (Coordination des informations sur l'environnement) biotopes, cette typologie étant la seule alors existante à l'échelle européenne. L'Annexe II compte 483 espèces végétales dont 166 sont considérées comme prioritaire et 134 espèces animales. La caractérisation des habitats d'espèces de l'Annexe 2 est plus délicate à réaliser : en effet, la directive ne fait que citer les espèces concernées et non le type de milieu qui correspond à leur habitat, car il peut varier d'un site à l'autre. Cependant, pour certaines espèces animales inféodées à un type d'habitat, la typologie CORINE est également utilisée pour caractériser l'habitat.